Na het reinigen wordt alles wat in contact komt met het afgekoelde wort, bijkomend gedesinfecteerd. Wegens het gevaar voor ongewenste of gevaarlijke chemische reacties dienen de resten van reinigingsproducten eerst goed te worden weggespoeld. Het is beter drie (!) keren na te spoelen met een beperkte hoeveelheid water dan eenmaal met een grote.

Men kan desinfecteren door gebruik te maken van warmte (koken, autoclaveren, stomen, flamberen), alcohol (ethanol van 70%), chloor (meestal reeds aanwezig in de samengestelde reinigers in de vorm van natriumhypochloriet) en oxidatiemiddelen. De mogelijkheden om warmte toe te passen zijn voor de meeste amateur-brouwers erg beperkt; alcohol is vrij duur en chloor laat een geur achter.

Oxidatiemiddelen zijn voor de amateur het best toe te passen, o.a. waterstofperoxide of perazijnzuur. Beide hebben een grote kiemdodende werking. Men vindt ze beide samen in P3-oxonia aktief van Henkel of Sopuroxid 5 van Sopura. Gebruiksconcentratie: van 0,02 tot 1% gedurende 5 à 20 minuten, afhankelijk van het merk en de concentratie. Naspoelen met water is niet echt noodzakelijk, maar dan wel goed laten uitlekken.

Door hun lagere oppervlaktespanning nemen de meeste desinfectiemiddelen ook eventuele resten van de reinigingsmiddelen weg.

Quat, quaternaire ammoniumverbindingen die ook terug te vinden zijn in het in ziekenhuizen gebruikte HAC, is wegens zijn lage oppervlaktespanning moeilijk weg te spoelen en dus minder geschikt, behalve voor het reinigen, bv. van het werkoppervlak waarop men gist gaat vermenigvuldigen, evenals voor de vloeren en wanden van de brouwzaal.

De combinatie van sulfiet en citroenzuur die zeer populair is bij amateur-wijnmakers, is totaal ontoereikend voor de amateur-brouwer.